La región San Martín albergó a la cultura Chachapoyas, cuyos vestigios son prueba de una compleja organización, como lo demuestran los conjuntos arqueológicos del Gran Pajatén y Gran Saposoa. La región formó luego parte del Tahuantinsuyo, cuando las tropas de Túpac Yupanqui derrotaron no sólo a los chachapoyas, sino también a los motilones y muyupampas, pueblos que habitaron también en el lugar. Más tarde, la llegada de los españoles marcó el inicio de las conquistas de la selva. Así, en 1549, Juan Pérez de Guevara fundó la ciudad de Santiago de los ocho valles de Moyobamba, la primera ciudad hispana asentada en la selva. Los misioneros jesuitas no tardaron en llegar a estas tierras con fines evangelizadores, seguidos por los franciscanos. Durante la emancipación, los cabildos de Moyobamba, Saposoa, Lamas y Tarapoto declararon fervientemente su apoyo a la causa; sin embargo, durante buena parte del siglo XIX la región se vio sumida en el aislamiento por dificultades de comunicación. Con el boom del caucho, la región se integró al país. San Martín formó parte del departamento de Loreto hasta 1906; el 4 de septiembre de ese año pasó a ser un departamento independiente.

La región San Martín se caracteriza por su diversidad climática y una variada geografía que presenta fértiles valles, terrenos accidentados, la meseta andina y una pequeña zona de selva baja con áreas inundables y poco accidentadas.

El clima de la ciudad de Moyabamba es cálido y húmedo, con mayores lluvias entre los meses de diciembre y marzo. La temperatura media anual máxima es de 29°C (84ºF) y la mínima de 18°C (64ºF).