En el siglo XIII d.C. se desarrolló en la región Amazonas la cultura Chachapoya, cuya más importante manifestación es la impresionante fortaleza de Kuélap. Si bien existen evidencias de que hubo presencia humana desde los 7000 años a.C., el legado más rico y representativo de la zona lo constituyen las construcciones de los chachapoyas. En sus trabajos arquitectónicos predominan las construcciones circulares y las paredes decoradas con frisos romboidales y en forma de zigzag.
Estos antiguos pobladores rendían un importante culto a los muertos, prueba de ello son las momias de la Laguna de los Cóndores y los sarcófagos de Karajía que se encuentran enclavados en los acantilados.

Según la leyenda, los chachapoyas opusieron una tenaz resistencia frente a la expansión inca, pero finalmente fueron derrotados por Túpac Yupanqui.

El 5 de septiembre de 1538, Alonso de Alvarado fundó la ciudad de San Juan de la Frontera de los Chachapoyas y desde entonces se convirtió en un lugar muy importante para la región y un punto de ingreso a la selva.

En los años previos a la independencia, los chachapoyanos decidieron apoyar la causa emancipadora e impidieron que las tropas realistas establecidas en Moyobamba avanzaran hasta la ciudad de Trujillo, donde se iban a concentrar.

Los realistas se enfrentaron posteriormente con los patriotas en la batalla de Higos Urco (6 de junio de 1821) donde resultaron victoriosos los patriotas.